Après être devenue la Ténébreuse, Emma disparaît dans la Forêt Enchantée, ne laissant que la dague à son nom derrière elle. Sa famille est décidée à la ramener mais aura besoin de l'aide d'une personne inattendue.
Devant le nouveau Sort Noir lancé par Emma, les Nains tentent leur chance à l’extérieur, mais Simplet se retrouve changé en arbre. Arthur et ses sujets de Camelot apparaissent dans les bois de Storybrooke.
Arthur réclame l’aide de David : un voleur a dérobé plusieurs reliques magiques de Camelot. Regina fouille dans les ouvrages de Merlin et trouve un indice sur ce qu'elle recherchait pendant son temps au château d'Arthur.
Avec les révélations de Lancelot, David et Mary-Margaret doutent des véritables intentions d'Arthur, depuis longtemps obsédé par l'idée de régner avec Excalibur à la main. Emma sent l'influence du Ténébreux la gagner.
Emma se résout à utiliser la magie noire sur un attrape-rêves afin de voir les derniers souvenirs de Merlin avant qu'il ne soit changé en arbre. Elle voit aussi les vraies intentions d'Arthur et avertit en secret Regina.
Dans le passé, Merlin libère Lancelot et Merida des geôles de Camelot avant de partir avec Belle, James et Crochet. Belle montrant un certain talent pour comprendre la magie, Merida décide de l’enlever.
1000 ans avant le début du règne d'Arthur, Merlin était perdu dans un désert avec un ami à la recherche d'aide quand ils ont trouvé le Graal, une coupe magique toujours remplie d'eau.
8. La Flamme de Prométhée
Trois semaines avant le retour à Storybrooke, Emma a en sa possession la flamme de Prométhée et la dague. Il ne lui manque que le reste de l’épée pour reforger Excalibur, et Merlin lui révèle qu'il est piégé.
Après avoir perdu Excalibur, Arthur et Zelena retournent à Camelot, mais le roi a un plan et doit se rendre à DunBroch, le royaume de Merida. Elle pleure encore son père et s'apprête à prendre le trône.
À Storybrooke, Crochet réalise à nouveau qu'il est le Ténébreux devant une Zelena ravie et une Emma médusée. Afin de la retarder, Crochet prend une partie de ses souvenirs et bloque sa magie.
Les Ténébreux marquent plusieurs habitants de Storybrooke : Gold, Regina, Robin, Henry, David, Mary-Margaret et les nains qui sont condamnés à prendre la place des Ténébreux aux Enfers.
12. Une chance de rédemption
Après la mort de Crochet qui s'est sacrifié pour libérer Emma des ténèbres, Emma, Regina, Robin, David, Mary-Margaret, Gold et Henry arrivent aux Enfers, une vision déformée de Storybrooke.
En cherchant Killian dans les Enfers, les vivants retrouvent des connaissances de leur passé : Mary-Margaret découvre que le demi-dieu Hercule, qu'elle a connu jeune, est présent. Henry découvre que Cruella les attend.
La captivité de Crochet prend une tournure sinistre lorsque Hadès menace de le condamner à la rivière des âmes perdues après que le pirate a refusé de choisir lesquels de ses amis allaient devoir rester dans les Enfers.
Crochet est libéré des Enfers mais il reste à trouver comment quitter les lieux pour les vivants. Ils retrouvent Liam, le frère de Killian, qui se dit prêt à les aider. Crochet s'étonne de voir son frère en ces lieux.
Soumis à Hadès, Gold crée un portail vers Storybrooke pour récupérer la fille de Zelena, mais les choses se déroulent mal et Zelena et Belle arrivent également dans les Enfers.
17. La Rivière des âmes perdues
Belle veut faire en sorte que Rumplestiltskin fasse le bon choix pour sauver leur enfant. Son espoir se répand dans les Enfers, ce qui déplait à Hadès qui va utiliser Gaston pour rétablir l'ordre dans son domaine.
18. Le Baiser d'amour véritable
Ruby atterrit aux Enfers et est trouvée par les héros, qui découvrent un étrange morceau de tissu sur elle. Zelena apprend son arrivée et s'inquiète de ce qu'elle pourrait raconter sur ce qu'elle a fait à Dorothy à Oz.
Zelena se laisse tenter par une romance avec Hadès, qui avoue être prêt à abandonner les Enfers par amour pour elle. Regina la met en garde. Elle refuse de l'écouter et est persuadée qu'Hadès peut changer et être sauvé.
Rumplestiltskin et Pan ont enlevé Zelena. Hadès se voit dans l'obligation de demander de l'aide aux héros, en échange de leur libération des Enfers.
21. Le Cristal de l'Olympe
Revenue à Storybrooke avec Hadès, Zelena s'inquiète de ne pas voir revenir les héros et décide de confier sa fille au dieu pendant qu'elle part à la rencontre de sa sœur pour la convaincre que l'amour a changé Hadès.
Gold commence à collecter toute la magie du monde dans le cristal olympien pour libérer Belle. Quand Henry et Violet partent trouver un moyen de détruire la magie, Emma et Regina partent à sa poursuite.
23. Des histoires secrètes
Grâce au Graal noir, Henry a la possibilité de détruire la magie qui va exploser entre Regina, Emma et Rumplestiltskin. Dans la dimension des Histoires cachées, Hyde parvient enfin à se séparer de Jekyll.