1. Une ville sous contrôle
Cela fait maintenant neuf mois que la République de la Terre a pris le contrôle de Defiance. Le maire Pottinger dirige la ville et souhaite qu’Amanda travaille à ses côtés. Nolan est à la recherche de sa fille.
À peine arrivé à Defiance, Nolan est engagé par Amanda pour appréhender un terroriste qui vient de faire exploser une bombe en pleine rue. Le nouveau maire est intrigué par le dossier d’Irisa, scellé par l’armée.
Nolan s’inquiète de plus en plus pour Irisa et, quand une personne innocente disparaît, il réalise qu’elle pourrait être responsable. Datak se rend compte que Stahma ne cherche pas à le faire sortir de prison.
Après l'attaque de sa caravane dans les Badlands, Pottinger ordonne à Nolan de traquer les responsables. L'enquête implique un des mineurs de Rafe, ce qui envenime la situation.
Amanda est harcelée par un mystérieux inconnu, tandis que Datak Tarr se remet de ses blessures après avoir été sévèrement battu. Rafe, lui, s'est installé avec sa fille dans la maison de Stahma.
Après le crash d'une arche, Pottinger recrute Nolan pour une mission de sauvetage, mais la véritable nature du contenu de l'arche place Nolan dans une dangereuse situation.
Datak est piégé pour un meurtre et doit s'en remettre à un allié inattendu afin de se sortir de ce mauvais pas. Après une rencontre avec un mystérieux étranger, Irisa, elle, en découvre un peu plus sur sa destinée.
Afin d'empêcher une attaque terroriste sur New York, Nolan interroge un homme suspecté d'être un espion à la solde du collectif Votanis.
Kenya est de retour et Nolan s'efforce de lui faire retrouver la mémoire pour savoir ce qu'il s'est passé. Stahma, persuadée que Kenya est morte, demande à Datak de l'aider à trouver la tombe où elle est enterrée.
10. Vingt mille lieues sous la terre
Lors d'une visite officielle de l'ambassadrice Tennety, Pottinger lui fait découvrir la mine. Cependant, un éboulement se produit : l'ambassadrice est tuée et Amanda et Pottinger se retrouvent coincés sous les gravats.
Amanda et Berlin enquêtent sur la chute de Poupée du désir de l'Arche et découvrent qu'Alak couchait avec Deirdre. Pensant tenir là un motif de chantage, Amanda le fait arrêter.
Suite à l'attaque d'Irisa, Nolan tente de ramener Tommy à Defiance avant qu'il ne meure. Datak et Shahma se font enlever et sont soumis à la vengeance d'Amanda.
Nolan sollicite l'aide de Kai pour mettre fin au programme de destruction de la Terre. Pilar révèle à Christie et à Alak l'existence d'une société où les humains et les Votans vivent en harmonie.