Gabriel Vaughn incarne le projet Clockwork : grâce à une puce implantée dans son cerveau, il peut se connecter à l'ensemble des technologies. Il doit à présent retrouver son inventeur, kidnappé par les services secrets.
En Afghanistan, un terroriste commet un attentat dans une base militaire américaine en déjouant les protocoles de sécurité grâce au « Red X », un explosif indétectable volé quelques temps plus tôt à Zurich.
Gabriel s'est réfugié au Mexique et revit la scène précédant la mort de sa femme Amélia. Alors qu'il ressent une présence lors de ces cyber-transferts, il ignore qu'il s'agit de Mei Chen, capable de contrôler son esprit.
Gabriel et Riley intègrent un convoi diplomatique aux côtés de l'ancien Président Finnegan en Syrie pour exfiltrer deux journalistes retenus en otages. Sur place, Gabriel découvre que ce sont des agents de la CIA.
5. Echange de bons procédés
Cyber Com se voit confier une mission délicate par Leland Strand, le père de Lillian : retrouver deux adolescentes kidnappées, dont l'une est la fille d'un sénateur et président de la commission des affaires étrangères.
Un début d'épidémie mortelle sévit au Texas et Cyber Com est chargé de trouver le patient zéro pour qu'un vaccin puisse être développé.
Les meilleurs scientifiques, spécialisés dans l'IA et les nanotechnologies, sont assassinés à travers le monde. L'équipe découvre qu'on leur a injecté des nanites, sortes de machines intellectuelles programmées pour tuer.
Gabriel, Riley et Jameson sont envoyés en Bolivie pour protéger un candidat soutenu par le gouvernement américain pour les prochaines élections, alors que trois leaders d'opposition ont été assassinés.
Le siège de Cyber Com est attaqué par un puissant virus informatique, entraînant des disfonctionnements chez Gabriel, qui perd la mémoire.
10. Panique à San Francisco
Un pirate informatique accède au fichier des témoins placés sous protection et les menace de s'en prendre à leur famille s'ils n'exécutent pas les ordres du hacker.
Une cyber-attaque engendre une coupure d'électricité géante sur toute la côte ouest des États-Unis. Gabriel s'allie au hacker pour stopper l'attaque avant qu'elle n'atteigne sa nouvelle cible : une centrale nucléaire.
12. Les six tigres - 1ère partie
Le directeur adjoint du FBI et l'ancien chef du renseignement militaire sont assassinés. Gabriel, qui n'a aucun souvenir, figure sur les vidéos de surveillance et s'enfuit avec Riley pour découvrir qui l'a piégé.
13. Les six tigres - 2ème partie
Après avoir été pris pour cibles par le gouvernement, Gabriel et Mei Chei s'allient et, avec Riley, trouvent refuge chez Mary Vaughn, dont le passé d'infirmière lui permet de soigner son fils blessé par balle.